Se trata de una edificación modesta, de apariencia sencilla, de una sola nave con capillas adosadas a los lados del crucero y un pórtico en el lado sur siguiendo el modelo de los templos segovianos traído por los pastores que repoblaron Hoyo de Manzanares tras la Reconquista. En él tenían lugar asambleas vecinales y tribunales menores. La espadaña sobre la que hoy anida un nido de cigüeñas, que da nombre al conjunto, data del siglo XVII.
Hacia 1970, tras años de abandono, el templo presentaba cierto deterioro manifiesto en la cubierta derruida; conservando solo los muros de cerramiento hasta la altura de la cornisa. Gracias a una permuta entre las instituciones eclesiásticas, propietarias del templo, y el Ayuntamiento, el templo pasó a propiedad municipal, que lo dotó de un nuevo uso como auditorio municipal. Fue entonces cuando el primitivo pórtico, del siglo XVI, tuvo que ser sustituido por el actual al tener que dotar al espacio de nuevas dependencias. Las reformas, llevadas a cabo entre 1983 y 1986 hicieron también necesaria la ampliación de la cubierta pasando de arco de medio punto a arco rebajado.
En la actualidad, el único resto de uso religioso que queda en el edificio es la Capilla de la Virgen de la Encina, patrona de la localidad, situada en el lado del Evangelio.
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