La exposición permanente del museo está organizada en torno a un recorrido cronológico y didáctico: fósiles paleontológicos, útiles paleolíticos, neolíticos, vestigios de la Edad del Bronce y la Edad del Hierro, una importante colección de época romana (destacando los mosaicos) y elementos de cultura material de las edades Antigua, Media y Moderna, llegando a la arqueología de la época industrial.
Las exposiciones temporales se organizan junto a prestigiosas entidades y se producen varias muestras al cabo del año. Entre sus dependencias se encuentra la Biblioteca Emeterio Cuadrado, de uso restringido, especializada en arqueología, cartografía de la Comunidad de Madrid, museología y restauración.
El museo ocupa desde 1999 el antiguo Convento Dominico de la Madre de Dios, en la calle de Santa María la Rica 3. Este edificio, que tiene una iglesia anexa, fue construido entre los siglos XVII y XVIII en pleno casco histórico de la ciudad, declarado Patrimonio de la Humanidad en 1998.
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